Всё началось за несколько столетий до нашей эры. Александр Македонский свозил завоёванные богатства в два места, и одним из них был Храм Луны на острове Санторин. Потом было сильнейшее землетрясение, и этот храм на тысячелетия ушёл под воду.
В наши дни, после очередного землетрясения, вокруг острова изменились морские течения, и храм стал доступен для исследований. Об этом пока никто не догадывается, кроме отчаянной охотницы за сокровищами Лары Крофт. Она вместе с напарником отправляется туда под водой, и находит храм в практически первозданной неприкосновенности.
На алтарной колонне Лара находит удивительный артефакт: мерцающую сферу с отверстиями, и снимает её на видеокамеру. В этот момент выясняется, что про местонахождение Храма догадалась не только она: прибывший отряд водолазов начал перестрелку и захватил загадочную сферу. К тому же Храм начал рушиться и Крофт едва спаслась во всей этой суматохе.
А скоро к Ларе заявились представители британской разведки Ми-6 и предложили кое-что. Их интересует учёный Джонатан Райз, между прочим, нобелевский лауреат, но при этом конченный псих, разрабатывающий всевозможное бактериологическое оружие. А сейчас он намерен разыскать древний Ящик Пандорры, в котором по легенде таится чума.
А чтобы найти этот Ящик, как раз и нужна та самая сфера, которую успела заснять на видео Лара. Сама сфера сейчас находится в руках китайца Чен Ло. Британцы предлагают Ларе Крофт отправиться в Китай и вернуть древний артефакт. Немного подумав, Лара выдвигает условие: для этого нужно выпустить из тюрьмы прохиндея и авантюриста Терри Шеридана, который должен помочь ей в путешествии по Китаю…
