Американские спецслужбы были обвинены во взрыве Кремля и краже ядерного чемоданчика. Под сильным политическим давлением президент инициировал «Протокол фантом». Это означает, что Агентство невыполнимых миссий упразднено: нет связи, нет явок, нет помощи, нет эвакуации. Четыре агента, имея только оставшуюся у них аппаратуру, взяли на себя нейтрализацию международной ядерной угрозы.
Выяснилось, что чемодан похитил известный экстремист под псевдонимом Кобальт, считающий глобальное уничтожение населения неприятным, но необходимым элементом эволюции. Хиросима и Нагасаки, по его мнению, яркий пример процветания городов, восставших из пепла и доказывающих, что ядерная война имеет свою нишу в естественном порядке вещей.
Итон Хант, возглавляющий непокорную группу агентов, направился в Дубай, в самое высокое здание мира Бурдж-Халифа, чтобы помешать Кобальту купить коды доступа к запуску ракет у французской шпионки.