Юный капитан Джеймс Кирк не из тех, кто слепо следует правилам. Для него главное – выполнить поставленную задачу и сохранить жизнь экипажу, а что для этого потребуется, не так уж важно. Так вышло и в этот раз: спасая от извержения вулкана население планеты Нибиру, Кирк умудрился нарушить с десяток постановлений командования Звездного флота.
И всё могло сойти ему с рук, если бы не этот командор Спок: угораздило же вулканца подать рапорт о происшествии! Досталось обоим: Кирка снимают с должности капитана, а Спока переводят на другой звездолет.
Тем временем в Лондоне взрывают здание, где расположен архив Звездного флота. По некоторой информации, организовал теракт офицер Джон Харрисон. Во время экстренного совещания происходит нападение. Кирку удается вывести из строя шатл противника, но в последний момент Харрисон успевает телепортироваться.
Среди погибших оказывается капитан Пайк, благодаря которому Джеймс когда-то попал в Звездный флот. Теперь у Кирка личные счеты с Харрисоном, поэтому именно он берется за трудное и опасное задание – найти и обезвредить врага. Себе в помощники капитан просит мистера Спока, ведь несмотря на все его странности, со своими обязанностями вулканец справляется отлично.
Экипажу звездолета «Энтерпрайз» предстоит отправиться к планете Кронос и выяснить, кто же этот Джон Харрисон.