В довольно неблизком будущем, а именно в 2273 году, земляне будут уже на другом технологическом витке развития. Хотя, многое для нас ещё непонятно, но в космосе уже базируется станция космического мониторинга «Эпсилон», а на Земле есть свой Звёздный Флот звездолётов.
«Эпсилоном» обнаружено странное космическое облако, в котором скрыто гигантское энергетическое поле непонятной природы, и это облако движется на космических скоростях прямо по направлению к Земле. По расчётам, оно находится в трёх днях пути до нас.
Это облако уже попытались исследовать корабли-разведчики вражеской Империи Клингон, но были уничтожены неизвестным оружием. Стало очевидно, что облако обладает неким инопланетным разумом и несёт прямую угрозу для Земли.
В наличии сейчас есть только один звездолёт-перехватчик – «Энтерпрайз» -- и тот не прошёл все испытания после ремонта и модернизации. Когда-то его командиром был Джеймс Кирк, который ушёл на повышение в штаб Флота, но в сложившихся обстоятельствах он решил вернуться и вновь взять «Энтерпрайз» под своё командование…